Die Namen der Zones in Sonic CD bestehen immer aus zwei Wörten, deren Anfangsbuchstaben jeweils gleich sind.

Es wird vermutet das ein Level in der finalen Version fehlt. Der kleine Planet, der im D. A. Garden und im Ladebildschirm der PC-Version zu sehen ist, zeigt eine Stelle, welche man im Spiel nicht findet. Es ist ein Bereich mit großen Kakteen, in etwa wie eine Wüste. Andere Hinweise sind der Level Select in dem es keine Zone 2 gibt und die Daten der Levels selbst. Auf der CD gibt es keinen Speicherplatz für Level 2. Es gibt dort nur „R1“ und „R3“.

Die US-Version des Spiels hat einen komplett anderen Soundtrack als die japanische und europäische. Während das Original einen eher Technolastigen Soundtrack hat, wurde der Soundtrack der US-Version auf ein eher Rockiges Thema umgeändert. Die Musikstücke die in der Vergangenheit, die in PCM Format gespeichert sind, sind jedoch erhalten geblieben. Das Intro wurde leicht umeditiert um besser auf die neue Musik zu passen.

Die PC Version hat da schon wesentlichere Änderungen erfahren. Alle Versionen des Spiels enthalten den US Soundtrack und die PCM Stücke aus der Vergangenheit wurden als CD-Audio abgespeichert. Durch die höhere Leistung läuft das Spiel außerdem mit 60 Bildern pro Sekunde was vor allem Effektbeladene Szenen, wie das Titelbild und die Special Stage schneller laufen lässt.

Die Version der Gems Collection ist eine abgeänderte PC-Version des Spiels. Dadurch das diese Version von der PC-Version abstammt, hat sie fast die selben Änderungen. Alle Soundeffekte sind in 11khz Wav aufgespielt, was eine schlechtere Qualität zur Folge hat. Das Intro wurde in High-Color gespeichert. Dieser Version fehlen zusätzlich noch ein paar Effekte. Die Musik im Spiel ist von der Region abhängig. Japan hat das Original, während Europa und Amerika den US-Soundtrack beinhalten.

Die fünf versteckten Bilder aus dem Soundtest wurden von Leuten entworfen die an Sonic CD mitgewirkt haben. Das letzte Bild das Tails mit einem grünen Auto und „See you next game“ zeigt, sollte eigentlich im Spiel zu finden sein. Da Sonic CD vor Sonic 2 kommen sollte, sollte dies wohl Werbung für Sonic 2 (wegen Tails) und Sonic Drift (wegen dem Auto) sein. Allerdings kam Sonic CD erst nach Sonic 2 und so wurde dieses Bild wieder versteckt.